پس از پيشروي دشمن به سمت خرمشهر، عراقي‏ها تا 19 مهر، همچنان در مدخل شهر و حوالي آن درگير بودند. همچنين عقبه نيروهاي خودي با استفاده از پل خرمشهر باز بود و تردد در آن صورت مي‏گرفت. در اين حال گر چه مقاومت در داخل خرمشهر، نيروهاي عراقي را با تلفات زياد و كندي در پيشروي روبرو ساخت، ولي در عين حال، عدم تقويت نيروهاي خودي و نبودن آتش پشتيباني و... موجب گرديد كه دشمن بدون برخورد با مقاومت جدي، شهر را در اين روز به محاصره كامل خود درآوَرَد. از اين پس درگيري مدافعان شهر با متجاوزان عراقي شدت يافت تا اين كه پس از خلق حماسه‏اي جاودان، خرمشهر در چهارم آبان 35 1359 روز پس از آغاز جنگ، سقوط كرد.

آیت ‏اللَّه حاج سیدمصطفی خمینی در آذرماه 1309 ش در قم به دنیا آمد و پس از گذراندن دوران ابتدایی، در 16 سالگی به تحصیل علوم اسلامی روی آورد. وی از سال 1330 در درس خارج پدر فرزانه خویش و آیت‏اللَّه بروجردی حاضر شد و از محضر آیات عظام علامه طباطبایی، سیدمحمد محقق داماد، شیخ مرتضی حائری و سید محمد باقر سلطانی طباطبایی بهره برد. ایشان از سال 1341 همراه با امام به مبارزه با رژیم پرداخت و در پیشبرد نهضت اسلامی نقش بسزایی ایفا كرد. وی پس از تبعید حضرت امام به تركیه، با سیل خروشان مردم خشمگین به خیابان‏ها آمد و به بیوت مراجع رفت. پس از این حركت ضدرژیم، عوامل طاغوت او را دستگیر و پس از آزادی چند روزه، به تركیه تبعید كردند. حاج آقا مصطفی پس از چند ماه حضور در تركیه، در مهر 1344 ش به همراه پدر به نجف رفته و به درس و بحث پرداخت. ایشان از همان جا نیز شیوه‏های نوین مبارزه با شاه را دنبال می‏كرد و مشاوری برجسته و متعهد برای امام بود. در نجف، مدتی به دلیل كوشش‏هایی كه علیه رژیم ضداسلامی عراق انجام داد دستگیر شد و او را به شدت از فعالیت‏های سیاسی منع كردند. سرانجام آیت‏اللَّه مصطفی خمینی در اول آبان 1356 ش برابر با 9 ذی قعده 1397 ق در 47 سالگی به شكل مرموزانه‏ای به شهادت رسید. حضرت امام، رحلت حاج سیدمصطفی را از الطاف خفیه الهی خواندند و در مورد فرزند دلبندشان فرمودند: "مصطفی امید آینده اسلام و ایران بود". بازتاب خبر ارتحال ایشان، ابعاد بسیار وسیعی به خود گرفت و در حركت توفنده مردم انقلابی مؤثر بود.بدن مطهر آن شهید با آب فرات غسل داده شد و در كنار مقبره علامه حلی در صحن امام علی(ع) مدفون گردید.ازآیت‏اللَّه حاج سید مصطفی خمینی آثار متعددی بر جای مانده است كه مكاسب محرمه در 2 جلد، تفیسر قرآن در 3 جلد و كتاب الاصول از آن جمله ‏اند.

آیت ‏اللَّه حاج سیدمصطفی خمینی در آذرماه 1309 ش در قم به دنیا آمد و پس از گذراندن دوران ابتدایی، در 16 سالگی به تحصیل علوم اسلامی روی آورد. وی از سال 1330 در درس خارج پدر فرزانه خویش و آیت‏اللَّه بروجردی حاضر شد و از محضر آیات عظام علامه طباطبایی، سیدمحمد محقق داماد، شیخ مرتضی حائری و سید محمد باقر سلطانی طباطبایی بهره برد. ایشان از سال 1341 همراه با امام به مبارزه با رژیم پرداخت و در پیشبرد نهضت اسلامی نقش بسزایی ایفا كرد. وی پس از تبعید حضرت امام به تركیه، با سیل خروشان مردم خشمگین به خیابان‏ها آمد و به بیوت مراجع رفت. پس از این حركت ضدرژیم، عوامل طاغوت او را دستگیر و پس از آزادی چند روزه، به تركیه تبعید كردند. حاج آقا مصطفی پس از چند ماه حضور در تركیه، در مهر 1344 ش به همراه پدر به نجف رفته و به درس و بحث پرداخت. ایشان از همان جا نیز شیوه‏های نوین مبارزه با شاه را دنبال می‏كرد و مشاوری برجسته و متعهد برای امام بود. در نجف، مدتی به دلیل كوشش‏هایی كه علیه رژیم ضداسلامی عراق انجام داد دستگیر شد و او را به شدت از فعالیت‏های سیاسی منع كردند. سرانجام آیت‏اللَّه مصطفی خمینی در اول آبان 1356 ش برابر با 9 ذی قعده 1397 ق در 47 سالگی به شكل مرموزانه‏ای به شهادت رسید. حضرت امام، رحلت حاج سیدمصطفی را از الطاف خفیه الهی خواندند و در مورد فرزند دلبندشان فرمودند: "مصطفی امید آینده اسلام و ایران بود". بازتاب خبر ارتحال ایشان، ابعاد بسیار وسیعی به خود گرفت و در حركت توفنده مردم انقلابی مؤثر بود.بدن مطهر آن شهید با آب فرات غسل داده شد و در كنار مقبره علامه حلی در صحن امام علی(ع) مدفون گردید.ازآیت‏اللَّه حاج سید مصطفی خمینی آثار متعددی بر جای مانده است كه مكاسب محرمه در 2 جلد، تفیسر قرآن در 3 جلد و كتاب الاصول از آن جمله ‏اند.